Современные исследователи относят основание монастыря к нач. XIV в. Уже к XV-XVI вв. монастырь стал широко известен на Руси. Из числа валаамского братства вышли знаменитые подвижники и основатели многих монастырей на Руси: Александр Свирский, Арсений Коневский, Корнилий Палеостровский, Савватий Соловецкий, Герман Аляскинский, Антипа Валаамский. Большую любовь к обители имел свт. Игнатий (Брянчанинов).
С 1917 по 1940 г. Валаам территориально принадлежал Финляндии. В начале 1940 г. братия эвакуировалась в Финляндию.
14 декабря 1989 г. первые шесть иноков прибыли на остров для возрождения монашеской жизни.
В 1991 г. Спасо-Преображенскому Валаамскому монастырю присвоен статус ставропигиального.